Công ty cổ phần vận tải thủy - TKV (nay là Công ty cổ phần Vận tải thủy - VINACOMIN) được Hội đồng quản trị Tập đoàn công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam phê duyệt Đề án thành lập tại Quyết định số 645/QĐ - HĐQT ngày 26 tháng 3 năm 2007.
Công ty cổ phần Vận tải thủy - TKV nay là Công ty cổ phần Vận tải thủy - VINACOMIN được Đại hội đồng cổ đông sáng lập thông qua ngày 12 tháng 4 năm 2007. Các cổ đông sáng lập của Công ty là Tập đoàn Công nghiệp than - Khoáng sản Việt nam và một số Công ty con của Tập đoàn. Công ty có vốn điều lệ là 100 tỷ đồng.  
Ngày 24 tháng 4 năm 2007 Công ty cổ phần Vận tải thủy - VINACOMIN được Sở kế hoạch Đầu tư tỉnh Quảng Ninh cấp Giấy phép Đăng ký kinh doanh lần đầu số 2203000845.